1936年，原西湖博物馆工作人员施昕更在良渚一带首先对良渚遗址进行了现代意义上的田野考古发掘，之后这类以黑陶、磨光石器和精致玉器为代表的遗存在长江下游环太湖流域不断被发现。

1959年，中国社会科学院考古研究所研究员夏鼐将其命名为“良渚文化”。70余年的考古发掘证实，良渚遗址是良渚文化分布最为集中，且文化规格和价值最高的地区。“良渚乃古杭州。”“莫角山遗址很有可能就是我国最早的宫殿。”——在1977年,历史学家的论断被史学界广泛认可。通过科学测定,良渚文化是距今5300年至4000年间,生活在长江下游太湖流域地区的先民们,在1000多年的时间里创造的物质文化和精神文化 。

1994年，良渚遗址列入中国政府向联合国教科文组织申报的《世界遗产名录》预备清单。

1995年，浙江省人民政府批准《良渚遗址群保护规划》，公布西至瓶窑吴家埠、北至天目山脉南麓、南至良渚——庙桥港、东至羊尾巴山与良渚镇连线范围为良渚遗址保护区，面积33.8平方公里，对重点保护区和建设控制地带的界限和保护要求作了明确规定，并成立浙江省良渚遗址群保护领导小组。1994年5月28日，良渚文化博物馆正式开馆。

1996年，良渚遗址列为全国第四批重点文物保护单位。

1999年，浙江省文物考古研究所与古建筑设计研究院联合编制莫角山、反山、瑶山、汇观山、土垣、荀山等6个遗址点的保护规划方案。

2001年，国家文物局将良渚遗址列为《中国“十五”期间大遗址保护展示专项计划》第一类第一号项目。

2007年，历时6年之久的《良渚遗址保护总体规划》，已在北京编制完成，即将进入国家文物局报批程序。

高昂的保护代价

1995年以来保护区内不再安排建设大型工业企业、大型基建项目和大体量建筑物，先后谢绝了额度达10余亿元的投资项目。

1996年11月28日，建于莫角山遗址上的余杭长命印刷厂首先完成了外迁，余杭区政府为此投入300多万元资金，为莫角山遗址保护起好了头。

为了消除104国道大流量交通对遗址保护的影响，省交通厅在104国道彭公至祥符桥段改造时将其南移，绕开良渚遗址区。根据测算，绕道改建工程比原路拓宽工程多投入1亿余元。

遗址区北侧的天目山余脉蕴藏着丰富的优质石材，在上世纪90年代前后，石矿开采业在当地兴盛。2000年，一场针对“石头经济”的环境保护行动开始。当年10月，瑶山遗址附近的6家石矿首先完成关停，至2002年10月底，遗址区附近最后，也是最大的一家石矿安溪石料一厂完成关停。据统计，余杭区为石矿关停投入的补偿经费、劳动力转移和安置经费等直接和间接费用达1亿余元。